Caracterización genómica y fenotípica de Enterobacterias aisladas de Macroinvertebrados de las costa de Camaná y Mollendo, y evaluación del impacto antropogénico en el mar

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Caracterizar genotípicamente y fenotípicamente Enterobacterias aisladas de moluscos bivalvos de las costa de Camaná y Mollendo, y evaluación del impacto antropogénico en el mar.

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Es un hecho conocido de la contaminación biológica que se da en la costas de nuestro litoral a nivel de la región Arequipa donde se vierten aguas residuales sin ningún control y tratamiento, lo cual genera una alteración de la biota presente en estos vertederos, que van directo al mar, y a su vez puede afectarnos indirectamente a nosotros debido a que muchos de los macroinvertebrados que serán objeto de estudio son de importancia comercial y son consumidos por la población en general.
La contaminación biológica es uno de los problemas más grandes que tenemos en Camaná y Mollendo, mucha de los macroinvertebrados presentes y cercanos a los vertederos de aguas residuales son afectados y de manera indirecta afecta a la población arequipeña por ser de amplio consumo.
Se realizara muestreos en Camaná y Mollendo, por búsqueda intensiva y se tomara medidas de las condiciones físico-químicas del agua de mar. Se hará un homogeneizado de las muestras para su posterior cultivo en placas con agar Chromocult. Se realizaran repiques para purificar las cepas encontradas, se determinara la susceptibilidad a antibióticos y se identificaran por medio de pruebas bioquímicas. Se procederá a la extracción de DNA y el posterior secuenciamiento de las cepas puras por fluorimetría en un equipo Qubit. Las genotecas serán preparadas de acuerdo con el protocolo Illumina TruSeq nano y secuenciadas en un equipo Illumina MiSeq. Las secuencias resultantes serán filtradas y cortadas de acuerdo con su calidad y posteriormente ensambladas usando Spades. Se evaluará la calidad de los aislados a través de medidas clásicas de calidad de ensamblaje (N50, L50, etc.) y de completitud del genoma. Se buscarán genes ortólogos que confieren resistencia a antibióticos al igual que elementos genéticos móviles. Esto se realizará a través de búsquedas en bases de datos utilizando modelos probabilísticos tipo HMMs. Todos los análisis estadísticos se realizarán en la plataforma R y RStudio.

Key findings

Genomic AND Phenotypic AND AND Enterobacteria AND Characterization isolated AND macroinvertebrates AND coasts AND (camana OR Mollendo) AND anthropogenic AND AND sea assessment
StatusActive
Effective start/end date16/05/20 → …