Optimización del algoritmo BLAST en el alineamiento de secuencias de ADN basado en procesamiento masivamente paralelo y Distribuido

Detalles del proyecto

Descripción

Optimizar en tiempo de procesamiento el algoritmo BLAST en el alineamiento de secuencias de ADN usando procesamiento masivamente paralelo y distribuido, comparando el algoritmo BLAST con los algoritmos BWT y algoritmos evolutivos.

Descripción de Layman

En Bioinformática intentan definir modelos matemáticos de sistemas biológicos usando grandes cantidades de unidades de procesamiento (CPU), generando aplicaciones poco prácticas. Esto está siendo superado por paralelismo usando GPU y sistemas distribuidos, como en el alineamiento de secuencias de ADN. Siendo el objetivo de este proyecto optimizar en tiempo de procesamiento el algoritmo BLAST en el alineamiento de secuencias de ADN usando procesamiento masivamente paralelo y distribuido, comparando el algoritmo BLAST con los algoritmos BWT y algoritmos evolutivos, donde las secuencias de ADN serán obtenidas de bases de datos de acceso público, implementando los algoritmos BLAST, BWT y algoritmos evolutivos en CPU sin paralelismo y sus optimizaciones de los mismos en GPU y sistemas distribuidos, obteniendo algoritmos optimizados para el alineamiento de secuencias más eficiente en cuanto al tiempo de procesamiento.

Hallazgos clave

Bioinformática, BLAST, alineamiento de secuencias, paralelismo, ADN, CIENCIACTIVA/CONCYTEC.
EstadoActivo
Fecha de inicio / finalización efectiva29/12/16 → …